В статье рассматривается структура российской экономики по секторам, в качестве которых берутся отрасли (виды деятельности), регионы и технологические уровни. Рассматривается динамика показателей, характеризующих эффективность развития российской экономики, и оценивается, как на них повлияли отдельные сектора и структурные сдвиги. Исследуемая в статье проблема состоит в оценке влияния мезоуровня на эффективность развития российской экономики (производительность труда и эластичность по фондам). Для ее решения необходимо было оценить эффективность структурных сдвигов в российской экономике и влияние на ее развитие отдельных секторов экономики, провести сравнительный анализ реальной структуры экономики и оптимальной, выяснить, приближается ли реальная структура российской экономики к оптимальной, и каковы ограничения и критерии данной оптимальной структуры экономики. Все это потребовало в первую очередь разработки соответствующего инструментария. Были уточнены существующие модели и построены новые, которые описывают связь макро- и мезоуровня, определяют взаимосвязь параметров уравнений и показателей разных уровней, оценивают влияние структурных сдвигов, позволяют исследовать распределение инвестиций и других ресурсов между объектами мезоуровня и построить оптимальное распределение ресурсов при различных критериях и ограничениях. На основе данных моделей решается задача оценки эффективности изменения структуры российской экономики, определяется степень влияния отдельных отраслей, регионов и технологических уровней на динамику производительности труда и эластичности по фондам российской экономики и выделяются оказавшие наиболее существенное влияние. Была проведена оценка влияния структурных сдвигов, исследованы критерии и ограничения, при которых оптимальная структура распределения ресурсов наиболее соответствует реальной. В результате было получено, что структурные сдвиги оказывали положительное влияние в 90-х годах и отрицательное в 2000-х. В 2000-х годах резко увеличилась разница реального и оптимального распределения ресурсов, оптимальный превышает фактический на 100-105%. Фонды максимально перетекают в прочие отрасли, занятые - в торговлю. В целом структура современной российской экономики стала более далекой от оптимальной. В последние годы стала расти доля низкоэффективных секторов, что определяет динамику эффективности российской экономики.