Организация геномного надзора за респираторными вирусными инфекциями, циркулирующими на территории города Москвы

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Введение. Вспышки острых респираторных вирусных инфекций (ОРВИ) экономически воздействуют на систему здравоохранения и представляют угрозу общественному благополучию. Контроль заболеваемости ОРВИ в условиях мегаполиса, особенно в период пандемии COVID-19, остро нуждался в адекватном инструменте для выявления мутаций и вариантов, уклоняющихся от вакцинального иммунитета и инициирующих подъём заболеваемости. Для своевременного реагирования требовался геномный надзор.

Цель исследования — организация Московского геномного центра для геномного надзора за ОРВИ и COVID-19 с оценкой результатов в период сезонных вспышек на территории столицы.

Материалы и методы. При поддержке Департамента здравоохранения города Москвы разработаны и реализованы управленческие и логистические мероприятия, Программа высокопроизводительного секвенирования (NGS) в образцах пациентов в плановом режиме и в период подъёма заболеваемости ОРВИ и COVID-19, технические процедуры выполнения NGS, обеспечена безопасность обмена данными и биобезопасность медицинского персонала.

Результаты. В структуре Департамента здравоохранения города Москвы создан Московский геномный центр. За период с октября 2023 г. по апрель 2024 г. данные таргетного NGS (панель на 32 патогена, исследовано 6528 образцов): SARS-CoV-2 доминировал весь период, заболеваемость гриппом А (H3N2) резко возросла с начала декабря и резко снизилась к концу января. Сменяемость генетических линий SARS-CoV-2: доминировала линия XBB (наиболее представлены: XBB.1.16, XBB.1.16.11) с октября по конец января, затем преобладала линия JN (наиболее представлена: JN.1, также встречаются JN.1.13, JN.1.18, JN.1.19, JN.1.4). Сменяемость штаммов гриппа А: доминировали H3N2 (A/Massachusetts/01/2020) и H3N2 (A/Massachusetts/38/2019) с декабря по февраль.

Ограничения исследования. Для NGS использовали таргетную панель на 32 респираторных вируса, наиболее часто встречающихся в московской популяции. Неполное покрытие всего вириома — условное ограничение.

Заключение. В столице организован репрезентативный, качественный и непрерывный генетический надзор. Московский геномный центр успешно реализовал Программу NGS-тестирования и поддержку Российского геномного ресурса микроорганизмов VGARus.

Соблюдение этических стандартов. Исследование одобрено этическим комитетом по экспертизе исследований в сфере общественного здоровья, организации и социологии здравоохранения при ГБУ «НИИОЗММ ДЗМ» (протокол от 18.09.2023 № 09-03/ЭК/2023). 

Согласие пациентов. Все участники дали информированное добровольное письменное согласие на участие в исследовании и публикацию персональной медицинской информации в обезличенной форме.

Участие авторов:
Латыпова М.Ф. — анализ материала, составление и написание текста;
Комаров А.Г. — концепция и дизайн исследования;
Мигяев О.К. — сбор и обработка материала;
Шпакова О.Г. — выполнение исследований, получение результатов, составление списка литературы;
Веневцев Е.О. — участие в организационных мероприятиях по созданию Московского геномного центра.
Все соавторы — утверждение окончательного варианта статьи, ответственность за целостность всех частей статьи.

Финансирование. Организационные мероприятия и материально-техническое обеспечение геномного центра ГБУЗ «МНПЦЛИ ДЗМ» проводились при поддержке Департамента здравоохранения города Москвы.

Конфликт интересов. Авторы декларируют отсутствие явных и потенциальных конфликтов интересов в связи с публикацией данной статьи.

Поступила 31.05.2024 / Принята к печати 03.10.2024 / Опубликована 06.11.2024

Об авторах

Мунира Фадисовна Латыпова

ГБУ города Москвы «Научно-исследовательский институт организации здравоохранения и медицинского менеджмента Департамента здравоохранения города Москвы»

Email: latypovamf1@zdrav.mos.ru
ORCID iD: 0000-0002-2643-7791

Канд. биол. наук, зав. организационно-методическим отделом по клинической лабораторной диагностике ГБУ «НИИ организации здравоохранения и медицинского менеджмента ДЗМ», 115088, Москва, Россия

e-mail: latypovamf1@zdrav.mos.ru

Андрей Григорьевич Комаров

ГБУЗ «Московский научно-практический центр лабораторных исследований Департамента здравоохранения города Москвы»

Email: komarovag@zdrav.mos.ru
ORCID iD: 0009-0000-8597-7125

Директор ГБУЗ «Московский научно-практический центр лабораторных исследований ДЗМ», 115580, Москва, Россия

e-mail: komarovag@zdrav.mos.ru

Очир Константинович Мигяев

ГБУЗ «Московский научно-практический центр лабораторных исследований Департамента здравоохранения города Москвы»

Email: migyaevok@dcli.ru
ORCID iD: 0000-0002-0435-9892

Начальник московского геномного центра, ГБУЗ «Московский научно-практический центр лабораторных исследований ДЗМ», 115580, Москва, Россия

e-mail: migyaevok@dcli.ru

Ольга Геннадьевна Шпакова

ГБУЗ «Московский научно-практический центр лабораторных исследований Департамента здравоохранения города Москвы»

Email: shpakovaog@dcli.ru
ORCID iD: 0009-0008-7052-3006

Зав. клинико-диагностической лаборатории молекулярно-генетических исследований, ГБУЗ «Московский научно-практический центр лабораторных исследований ДЗМ», 115580, Москва, Россия

e-mail: shpakovaog@dcli.ru

Евгений Олегович Веневцев

ГКУ «Московский центр развития социальных технологий»

Автор, ответственный за переписку.
Email: venevtsev.eo@mail.ru
ORCID iD: 0009-0003-2663-6322

Канд. эконом. наук, зам. начальника экспертно-аналитического отдела, ГКУ «Московский центр развития социальных технологий», 107045, Москва, Россия

e-mail: venevtsev.eo@mail.ru

Список литературы

  1. Colijn C., Earn D.J., Dushoff J., Ogden N.H., Li M., Knox N., et al. The need for linked genomic surveillance of SARS-CoV-2. Can. Commun. Dis. Rep. 2022; 48(4): 131–9. https://doi.org/10.14745/ccdr.v48i04a03
  2. WHO. Statement on the fifteenth meeting of the IHR (2005) Emergency Committee on the COVID-19 pandemic; 2023. Available at: https://who.int/news/item/05-05-2023-statement-on-the-fifteenth-meeting-of-the-international-health-regulations-(2005)-emergency-committee-regarding-the-coronavirus-disease-(covid-19)-pandemic
  3. Contreras S., Iftekhar E.N., Priesemann V. From emergency response to long-term management: the many faces of the endemic state of COVID-19. Lancet Reg. Health Eur. 2023; 30: 100664. https://doi.org/10.1016/j.lanepe.2023.100664
  4. Callaway E. COVID’s future: mini-waves rather than seasonal surges. Nature. 2023; 617(7960): 229–30. https://doi.org/10.1038/d41586-023-01437-8
  5. Hyams C., Challen R., Marlow R., Nguyen J., Begier E., Southern J., et al. Severity of Omicron (B.1.1.529) and Delta (B.1.617.2) SARS-CoV-2 infection among hospitalised adults: A prospective cohort study in Bristol, United Kingdom. Lancet Reg. Health Eur. 2023; 25: 100556. https://doi.org/10.1016/j.lanepe.2022.100556
  6. Wolter N., Jassat W., Walaza S., Welch R., Moultrie H., Groome M., et al. Early assessment of the clinical severity of the SARS-CoV-2 omicron variant in South Africa: a data linkage study. Lancet. 2022; 399(10323): 437–46. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(22)00017-4
  7. Nealon J., Cowling B.J. Omicron severity: milder but not mild. Lancet. 2022; 399(10323): 412–3. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(22)00056-3
  8. WHO. Statement on the update of WHO’s working definitions and tracking system for SARS-CoV-2 variants of concern and variants of interest; 2023. Available at: https://who.int/news/item/16-03-2023-statement-on-the-update-of-who-s-working-definitions-and-tracking-system-for-sars-cov-2-variants-of-concern-and-variants-of-interest
  9. Flahault A., Calmy A., Costagliola D., Drapkina O., Eckerle I., Larson H.J., et al. No time for complacency on COVID-19 in Europe. Lancet. 2023; 401(10392): 1909–12. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(23)01012-7
  10. Fernandes Q., Inchakalody V.P., Merhi M., Mestiri S., Taib N., Moustafa Abo El-Ella D., et al. Emerging COVID-19 variants and their impact on SARS-CoV-2 diagnosis, therapeutics and vaccines. Ann. Med. 2022; 54(1): 524–40. https://doi.org/10.1080/07853890.2022.2031274
  11. Triveri A., Serapian S.A., Marchetti F., Doria F., Pavoni S., Cinquini F., et al. SARS-CoV-2 spike protein mutations and escape from antibodies: a computational model of epitope loss in variants of concern. J. Chem. Inf. Model. 2021; 61(9): 4687–700. https://doi.org/10.1021/acs.jcim.1c00857
  12. Otto S.P., Day T., Arino J., Colijn C., Dushoff J., Li M., et al. The origins and potential future of SARS-CoV-2 variants of concern in the evolving COVID-19 pandemic. Curr. Biol. 2021; 31(14): R918–29. https://doi.org/10.1016/j.cub.2021.06.049
  13. Carabelli A.M., Peacock T.P., Thorne L.G., Harvey W.T., Hughes J., Peacock S.J., et al. SARS-CoV-2 variant biology: immune escape, transmission and fitness. Nat. Rev. Microbiol. 2023; 21(3): 162–77. https://doi.org/10.1038/s41579-022-00841-7
  14. This is no time to stop tracking COVID-19. Nature. 2022; 603(7902): 550. https://doi.org/10.1038/d41586-022-00788-y
  15. Gov.UK. 2023. Press release. COVID-19 testing approach from April, 2023. Available at: https://gov.uk/government/news/covid-19-testing-approach-from-april-2023

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© , 2024


СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ:  ПИ № ФС77-50668 от 13.07.2012 г.